สาเหตุที่สัณนิษฐานได้ว่าอาจทำให้เกิดลำไส้อักเสบได้แก่ ภาวะภูมิต้านทานผิดปกติ และ พฤติกรรมการกิน ค่ะ

ลำไส้อักเสบมีสาเหตุจากการติดเชื้อโรค และจากสาเหตุอื่นๆที่ไม่ใช่การติดเชื้อโรค
1. ลำไส้อักเสบสาเหตุจากการติดเชื้อโรค เกิดได้จากเชื้อโรคทุกชนิด ทั้งแบคทีเรีย (พบบ่อยที่สุด) ไวรัส ปรสิต และเชื้อรา
แบคทีเรีย เป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดโรคลำไส้อักเสบได้บ่อยที่สุด โดยแบคทีเรียที่ทำให้เกิดลำไส้อักเสบมีได้หลายชนิด ที่พบบ่อย คือ อีโคไล (E.coli) และ Staphylococcus โดยโรคลำไส้อักเสบที่เกิดจากแบคทีเรียที่พบบ่อย เช่น โรคอาหารเป็นพิษ โรคบิด โรคไทฟอยด์ อหิวาตกโรค
ไวรัส ที่ทำให้เกิดลำไส้อักเสบ เช่น ไวรัสโรตาที่ทำให้เกิดโรคท้องร่วงจากไวรัสโรตา อะดีโนไวรัส (Adenovirus) ที่ทำให้ท้องเสียที่เรียกว่า ไข้หวัดลงกระเพาะ (Stomach flu) หรือ ไวรัสซีเอมวี (CMV, Cytomegalovirus) ที่ทำให้เกิดลำไส้อักเสบในคนที่มีภูมิคุ้มกันต้านทานโรคบกพร่อง เป็นต้น
ปรสิต เช่น อะมีบา (Amoeba) ในโรคบิดมีตัว พยาธิต่างๆ เช่น พยาธิตัวกลม Strongy loides
เชื้อรา มักพบเป็นสาเหตุให้เกิดลำไส้อักเสบในคนที่มีภูมิคุ้มกันต้านทานโรคบกพร่อง เช่น โรคเอดส์
2. ลำไส้อักเสบสาเหตุไม่ได้เกิดจากการติดเชื้อ เป็นโรคที่พบได้ประปราย เช่น จากลำไส้ขาดเลือด (Ischemic colitis) กรณีจากมีโรคหลอดเลือดแดงแข็ง หรือมีเนื้อเยื่ออัก เสบในทุกอวัยวะ รวมทั้งลำไส้อักเสบจากโรคออโตอิมมูน/โรคภูมิต้านตนเอง
ถ้าเป็นประจำควรไปพบแพทย์เพื่อการวินิจฉัยและรักษาที่ถูกต้องค่ะ