โรงพยาบาลนครธน เปิดดําเนินการอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ.2539 โดยสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก เสด็จเป็นองค์ประธานในการเปิดโรงพยาบาล 

โรงพยาบาลนครธน มีจุดกําเนิดจากคณะกลุ่มบุคคลคณะหนึ่งที่มีเจตนารมณ์ตรงกันที่จะสร้างสถานพยาบาลชั้นดี มีมาตรฐานไว้รองรับบริการทางการแพทย์และสาธารณสุข ในพื้นที่กรุงเทพชั้นนอกด้านทิศใต้และปริมณฑล จึงได้ทำการศึกษาการขยายตัวของประชาชนในฝั่งตะวันตกของกรุงเทพมหานคร (ธนบุรีด้านทิศใต้) พบว่าจะต้องมีการขยายตัวอย่างต่อเนื่องและเด่นชัด จึงได้ดําเนินการก่อสร้างโรงพยาบาลนครธนขึ้นเพื่อรองรับการขยายตัวของประชากรดังกล่าว ปัจจุบันโรงพยาบาลนครธนได้ยืนหยัดรับใช้ประชาชนอย่างเข้มแข็ง ซึ่งถือเป็นความภาคภูมิใจของคณะผู้ก่อตั้ง ผู้ถือหุ้น แพทย์ พยาบาล และเจ้าหน้าที่ทุกแผนก และทุกระดับในความสําเร็จที่เกิดขึ้น 

โรงพยาบาลนครธนเป็นสถานพยาบาลที่มีมาตรฐาน และได้พัฒนาศักยภาพให้รุดหน้าทั้งในเชิงคุณภาพ และปริมาณควบคู่กันไป สามารถตอบสนองความต้องการของประชาชน และสนองนโยบายของภาครัฐบาลได้อย่างลงตัว ที่สําคัญ คือ การธํารงรักษาเจตนารมณ์ที่ตั้งไว้แต่เริ่มแรกได้อย่างมั่นคง สามารถสร้างความพอใจให้กับผู้มาใช้บริการได้ในระดับดี ได้รับการไว้วางใจจากประชาชน และองค์กรที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนภาครัฐบาลอย่างสมบูรณ์ สมกับวิสัยทัศน์ที่กําหนดไว้ว่า มุ่งมั่นให้การดูแลรักษาตามมาตรฐานสากลด้วยหัวใจความเป็นมนุษย์ (Humanized Healthcare)

ปัจจุบันตัวอาคารของโรงพยาบาลมี 12 ชั้น เปิดดำเนินการที่ 150 เตียง ในด้านการออกแบบเน้นการให้ความสําคัญกับผู้มาใช้บริการเป็นอันดับแรก โดยมีหน่วยพิเศษต่างๆ ได้แก่ ห้องผ่าตัด ห้องคลอด ห้อง ICU ห้องไตเทียม ได้จัดพื้นที่ไว้ในชั้นเดียวกันเพื่อให้การดูแลผู้ป่วยเป็นไปอย่างรวดเร็วในกรณีฉุกเฉินต่างๆ การจัดระบบระบายอากาศ และทางหนีไฟที่ได้มาตรฐาน การเชื่อมต่อระหว่างอาคารโรงพยาบาลและอาคารจอดรถ อีกทั้งมีสถานที่สําหรับจอดเฮลิคอปเตอร์ สําหรับผู้ป่วยฉุกเฉิน